Die Amtsniederlegung ist die einseitige Beendigung der Geschäftsführerstellung durch den Geschäftsführer selbst.  Ihr Gegenteil ist die Abberufung des Geschäftsführers durch die Gesellschafterversammlung. Will der Geschäftsführer nicht mehr für eine GmbH tätig sein, so muss er neben der Kündigung seines Geschäftsführeranstellungsvertrages auch sein Amt als Geschäftsführer niederlegen. Das Ob und wie der Kündigung des Geschäftsführeranstellungsvertrages ist regelmäßig in dem Geschäftsführeranstellungsvertrag selbst geregelt. Für die Amtsniederlegung enthält regelmäßig der Gesellschaftsvertrag eine Regelung. Darin ist bestimmt, wem gegenüber der Geschäftsführer sein Amt niederlegen muss und wie (in welcher Form) dies zu geschehen hat. In den meisten Fällen ist die Amtsniederlegung gegenüber dem Organ zu erklären, das für die Bestellung des Geschäftsführers zuständig ist (Gesellschafterversammlung). Die Niederlegungserklärung muss nachweislich der Gesellschafterversammlung zugehen, wobei der Zugang (Bekanntgabe) bei einem Gesellschafter genügt. Dies sollte durch Übergabe-Einschreiben mit Rückschein oder einen Gerichtsvollzieher erfolgen.

Damit hat der Geschäftsführer aber noch nicht alles Erforderliche getan. Er muss zusätzlich zu der Bekanntgabe seiner Amtsniederlegungserklärung dafür sorgen, dass er aus dem Handelsregister als Geschäftsführer ausgetragen wird. Die Beendigung seiner Tätigkeit als Geschäftsführer muss gemäß § 39 Abs. 1 GmbHG dem Handelsregister angezeigt werden. Anderenfalls gilt der Geschäftsführer trotz Amtsniederlegung  dem Rechtsverkehr gegenüber weiterhin als Geschäftsführer der GmbH und es besteht das Risiko als Geschäftsführer in Anspruch genommen zu werden. Der Geschäftsführer muss zudem darauf achten, dass seine Amtsniederlegung nicht zur Unzeit erfolgt, da sich daraus auch Haftungsfallen für ihn ergeben könnten. Die „Abmeldung“ beim Handelsregister kann der Geschäftsführer selbst veranlassen, solange er noch Geschäftsführer ist, also sein Amt noch nicht niedergelegt hat. Eine Amtsniederlegung mit sofortiger Wirkung ist deshalb nicht zu empfehlen. Geschäftsführer sollten deshalb bei beabsichtigter Amtsniederlegung nicht sofort agieren, sondern zunächst die rechtlich erforderlichen Schritte prüfen lassen, um nicht trotz Amtsniederlegung weiterhin im Handelsregister als Geschäftsführer eingetragen zu sein und weiterhin zu haften.